Каждый сайт имеет корневой каталог документов, то есть директорию, в которой хранятся файлы с содержимым сайта и сценарии. Он указывается директивой DocumentRoot. При настройке Apache в Debian по умолчанию она находится по адресу /etc/apache2/sitesenabled/000default:
DocumentRoot /var/www/