Выбор языка программирования, как и выбор текстового редактора или операционной системы, во многом является делом вкуса. Некоторые находят Perl нечитаемым, а другим не даются правила пробелов Python. Зачастую сравнение далее не идет: если вам не нравится свекла, зачем ее есть?
Если вас устраивает стиль языка, то наиболее важным критерием является продуктивность для поставленной задачи. Применение оболочки bash — это быстрый путь создания коротких онлайнсценариев, но он обременителен, если сценарий занимает сто или более строк. Perl, возможно, тяжело читать, но он более мощный и имеет преимущество в виде гигантской библиотеки CPAN. РНР похож на С, не имеет пространств имен, легко смешивает код и вывод и имеет несколько хороших библиотек. Python, возможно, наиболее прост для чтения и письма, что является особым преимуществом для больших сценариев.